晴朗时节，江户川柯南（高山南 配音）和毛利小五郎（小山力也 配音）、小兰（山崎和佳奈 配音）以及少年侦探团的伙伴们一同来到京都，他们即将登上自卫队的宙斯盾战舰，体验一把出海作战的感觉，期间还结识了美丽又有着几分神秘的女自卫队员藤井七海（柴咲幸 配音）。谁知快乐的氛围很快被恐慌所替代，战舰上突然发现一条断掉的手臂，消失的自卫队员又引起军方的恐慌与猜测。原来某国神秘间谍X已悄悄登上宙斯盾，伺机盗取战舰...

数千年后的未来，进入宇宙空间的人类，　　被分为银河帝国与自由行星同盟这两个　　拥有“专制政治”与“民主主义”两种不同政治体制的国家。　　两国之间的抗争持续了150年，　　以无边无际的广袤银河为舞台，　　重复着无止境的战斗。　　银河帝国的门阀贵族社会的腐败，　　以及自由行星同盟可称为民主主义的弊端的群愚政治　　侵蚀着两个国家。　　之后，宇宙历8世纪末，两位天才的登场驱动了历史。　　“常胜的天才”莱因...